对亚急性细菌性心内膜炎的愈后应谨慎。杀菌性抗生素使用剂量应在最小抑菌浓度以上，至少使用4～6周(7天肠外给药，随后口服)。
抗生素的选择应尽量根据血液培养的结果。在等待结果期间或培养呈阴性的动物，则应联合用药，氨苄西林和庆大霉素合用，静脉给药至少5～7天(监控肾脏功能)。然后再连用阿莫西林和喹诺酮类药物如恩氟杀星。口服3～5周。
另外，对于心律不齐和充血性心衰也应给予合适的治疗。
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