病因尚不明确，找不到任何解剖学的原因。情绪因素、饮食、药物或激素均可促发或加重这种高张力的胃肠道运动。有些患者有焦虑症;尤其是恐惧症，成年抑郁症和躯体症状化障碍。然而，应激和情绪困扰并不总是伴有症状的发作和反复。有些IBS患者表现有一种有获得性的异常病理行为，比如，他们倾向于将精神上的困扰表达为消化道的主诉，通常是腹痛，内科医生在评估IBS，尤其是有顽固性症状的患者时，应了解其有否无法解决的心理问题，包括性虐待和躯体恶习。
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