藏毛窦由症状和体征容易诊断，但应与疖、肛瘘和肉芽肿鉴别。
1.疖痈
生长在皮肤，由皮肤突出，顶部呈黄色。痈有多个外孔，内有坏死组织。
2.肛瘘
肛瘘的外口距肛门近，瘘管行向肛门，扪诊有索状物，肛管内有内口，有肛门直肠脓肿病史。而藏毛窦的走行方向多向颅侧，很少向下。
3.其他
结核性肉芽肿与骨相连，X线检查可见骨质有破坏，身体其他部位有结核性病变。梅毒性肉芽肿有梅毒病史。梅毒血清反应阳性。
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