可以是先天性的或继发于脑的各种疾病。病变主要累及纹状体，特别是壳核和尾状核。有神经细胞脱失，变性，继发性脱髓鞘增生。
手足徐动症的常见病因有：
①遗传性或家族性：多为常染色体隐性遗传较罕见。
②脑血管意外。
③颅内感染。
④药物。
⑤脑瘫：各种原因引起脑瘫可出现手足徐动症。
⑥高位颈髓病变。
不同类型病因不同如发作性肌张力障碍性舞蹈手足徐动症是罕见的遗传性运动障碍性疾病。而发作性运动源性舞蹈手足徐动症是罕见的运动障碍性疾病，常由运动诱发，有时与弥散性或局灶性脑损伤有关亦有认为是癫痫的一种形式因发作有相似诱因抗癫痫治疗有效。
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