正中部的突起在向口腔内发展的同时与上部的突起一起形成腭部。这个过程十分复杂与精密，全部完成这个过程大约需要12周时间。如果在这个相互联结的过程中，发生迟滞或阻碍，或者有一点点差错，就会产生各种不同的裂缝。单纯只是口腔内之上腭或软裂腭开而外表正常，则称为裂腭。
裂腭发生的原因尚不完全清楚但认为与妊娠期食物中营养缺乏、内分泌异常、病毒感染及遗传因素有关。如妊娠早期大量吸烟及酗酒，其子女裂腭的发生率比无烟酒嗜好的妇女要高，因而也是导致胎儿发生裂腭的可能因素之一。
新生儿的裂腭原因还包括物理损伤，如在胎儿发育时期，孕妇频繁接触放射线或微波等均可能影响胎儿的生长发育而成为裂腭发生的可能诱因。
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