恶臭便病因可能与遗传有关的代谢异常及免疫因素有关。据报道约有80%本病患者带有人白细胞抗原HLA-B8、HLA-DW3。人食谷物后其麸质中所含的麦胶蛋白肽在肠中水解时需要有关的肽酶，如患者肠粘膜上皮缺少此酶，则未被水解的麦胶蛋白刺激肠粘膜引起本病。
出现恶臭便的病因有以下两种学说：
1、有学者认为恶臭便是麸质过敏性肠病，过敏原是麦胶蛋白。
2、有学者分析恶臭便病因可能与遗传有关的代谢异常及免疫因素有关。据报道约有80%本病患者带有人白细胞抗原HLA-B8、HLA-DW3。人食谷物后其麸质中所含的麦胶蛋白肽(gliadin peptides)在肠中水解时需要有关的肽酶，如患者肠粘膜上皮缺少此酶，则未被水解的麦胶蛋白刺激肠粘膜引起本病。
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