引起生化妊娠的原因是多方面的，大致可归纳为胎儿和母体两个方面。
胎儿方面的原因主要由于卵子或精子有缺陷或精子，卵子同时有缺陷，这样孕卵本身从一开始就发育不正常，这是早期生化妊娠最主要的原因这类生化妊娠多发生在妊娠的头三个月内。如果胎盘还没有形成或胎盘的绒毛组织发育不正常，胚胎不能从母体吸收必需的营养物质，因而发育受到影响，也能引起生化妊娠。
母体方面的原因有：
(1)内分泌紊乱，其中主要是卵巢分泌的黄体酮(又叫孕酮)太少，影响蜕膜的正常发育，使胚胎缺乏营养而停止发育;此外，甲状腺素分泌不足时，能使细胞的氧化过程受到障碍，也是生化妊娠的原因。
(2)孕妇患严重的急性传染病时如急性肝炎、流行性感冒，疟疾或伤寒等，由于细菌毒素或病毒通过胎盘进入胎儿血内.使胎儿中毒或感染甚至死亡，因而生化妊娠.
(3)孕妇高烧刺激子宫收缩将胎儿排出。
(4)某些慢性病如高血压，慢性肾炎，严重时可造成生化妊娠。
(5)当子宫发育不良，或有畸形如双角子宫、子宫纵膈或突向子宫腔的子宫肌瘤时，宫腔扩展受到限制影响胎儿发育而生化妊娠。
(6)子宫颈内口松弛(先天性或手术创伤引起)，当胎儿发育到3—4个月以后，由于胎囊内羊水向宫颈口方向的压力和重力使松弛的宫颈内口很容易继续扩张致使胎儿流出。
近年来，由于遗传学研究的进展对生化妊娠的原因有了进一步认识，有人将自然流出的组织做染色体检查，在583例生化妊娠组织中发现284例染色体不正常(占48.7%)。生化妊娠组织的染色体不正常，有的是由父母遗传的，有的是胚胎组织本身的染色体不正常。以前发现的染色体不正常，都是从生化妊娠组织中检查发现的，近来也有从多次生化妊娠(习惯性生化妊娠)的病人血中检查出有不正常染色体的病例，说明这类生化妊娠是与生化妊娠孕妇的染色体异常有关。
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