肺脓肿发生的因素为细菌感染、支气管堵塞，加上全身抵抗力降低。原发性脓肿是因为吸入致病菌或肺炎引起，继发性脓肿是在已有病变(如梗阻)的基础上，由肺外播散、支气管扩张和(或)免疫遏制状态引起。
口腔或上呼吸道吸入病菌：化脓菌经口腔、鼻咽腔吸入到下呼吸道是肺脓肿发病最多见的原因。一般情况，呼吸道有灵敏的咳嗽反射，可以防止误吸，但人在熟睡、醉酒、麻醉后或神志恍惚、昏迷的情况时，咳嗽反射机制就会削弱或消失，结果病菌乘机而入。再加上自身抵抗力下降，就会引起肺脓肿。
血源性肺脓肿：其他部位如皮肤、泌尿道等出现感染时，病菌侵入血流发生脓毒血症，当病菌随着血液流经肺部时引起肺部感染、化脓。
继发于其他肺部疾病：当肺部出现支气管扩张、支气管囊肿、空洞性肺结核等其他疾病时，这些病灶比正常的肺组织更容易出现化脓。肺癌、支气管堵塞等疾病时，也易诱发肺脓肿。
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