喉部有丰富的神经分布，在受到呛水等误入的异物刺激时，则产生防御发射性剧咳，迫使异物排出，起保护下呼吸道的作用。人在吃饭吞咽时，会厌把喉口遮盖住。吃东西的时候，食物都是顺着食道进入胃里面，但是由于说话，或者有心思等，导致食物进了气管，这时候气管接受不了这种食物的压力，所以会产生呛咳的现象发生。除了吃饭讲话等因素引起的生理性呛咳，一般来说，咽喉部的神经支配不协调是引起此种情况最常见的原因，如脑萎缩、腔隙性脑梗塞、脑血管意外后遗症等。而咽喉局部的神经支配受到损伤也可以发生这种情况，如会厌炎症、肿瘤，舌根肿瘤、喉部肿瘤等。
孩子吞咽时发生呛咳起因有以下几种可能：一是先天性喉裂，由于喉裂的程度不同，症状差别较大，轻者无症状，较重者可有喉鸣、呼吸困难、呛咳。二是会厌畸形，会厌上端部分裂开者称会厌分叉，对完全裂开者称两裂。会厌两裂的患儿在进食过程中会发生剧烈的呛咳，严重者会导致呼吸困难。三是体位性呛咳，如果给孩子喂奶时孩子平卧在床上，或者乳汁较多孩子吞咽不及时，都会发生呛咳。
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