真菌引起的人类疾病有三种类型，即感染性疾病、变态反应性疾病和中毒性疾病。
虽然真菌感染不如细菌性感染常见，但是机会性真菌感染却是免疫功能不全患者的一种严重感染。在免疫功能受损的患者中，许多真菌可引起患者严重的侵袭性感染。
原发性念珠菌肺炎虽然不常见，但是可伴随系统性念珠菌病发生。毛霉病是一种凶猛的疾病，死亡率很高。曲霉菌感染可见到三种机会性真菌感染的临床表现形式：侵袭性曲霉病、曲菌球病及变态反应性支气管肺曲霉病。尽管许多人暴露于隐球菌，但在免疫功能正常的患者，罕见该病的严重病例。但是，在免疫功能受损的患者中，隐球菌感染可能是危及患者生命的疾病，并且很难完全将其从患者体内根除。
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