引起深部真菌感染的真菌包括致病性真菌及条件致病性真菌。由于念珠菌是正常人体胃肠道和咽部的正常菌群，所以不能以这些部位涂片见到孢子或培养出念珠菌作为真菌感染依据，必须与临床表现相结合来确定诊断。
呼吸道真菌感染的诊断标准为：
1、在原发病的诊疗过程中，出现呼吸系统症状、体征，发热、白细胞增加。
2、X线出现不能解释的片状或团块状阴影。
3、影像学提示有肺部病变，在应用抗生素治疗过程中，病情恶化，有一般细菌感染但不能解释。
4、痰涂片、培养检查真菌阳性，支气管镜检查可提高可靠性，多次痰培养为同一种真菌。
5、血、尿、便培养为相同真菌。
来源资料：《中国医药导报》 2009年10月6日 谈如何诊治ICU肺部真菌感染
