真菌感染引起的疾病称为真菌病，发病率最高的念珠菌病和皮肤癣菌病由人体正常菌群的真菌引起，感染可区分为：表面感染,皮肤感染，皮下组织感染，深部感染和条件性感染。真菌易在温暖潮湿环境生长繁殖。当身体积存分泌物后、在常滴用抗生素液等情况下，较易受真菌感染，常见有青霉素、曲霉菌及白色念珠菌等。
引起人类疾病的真菌可分为两大类：
①致病性真菌：如组织胞浆菌、球孢子菌、新型隐球菌、芽生菌等。
②条件致病性真菌：如各类念珠菌、曲霉菌与毛霉菌等。近年来，真菌病发病率有明显上升的趋势，尤其是条件致病菌引起的感染，已引起医学界的高度重视。在我国，小儿深部真菌感染对的原因以念珠菌多见，隐球菌和曲霉菌病次之，其他类型的真菌病较少见。
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