泌尿男生殖系真菌感染尽可能去除各种诱发因素及积极治疗原发病。念珠菌性龟头包皮炎以局部治疗为主，性伴同时治疗。下尿路念珠菌病抗真菌药物局部灌洗是合理的。肾念珠菌病的治疗有三种基本方法。
1.尽可能去除各种诱发因素及积极治疗原发病，加强营养，增强机体抵抗力，补充大剂量B族维生素。
2.念珠菌性龟头包皮炎以局部治疗为主，性伴同时治疗。用2%碳酸氢钠溶液或0.1%雷佛尔溶液冲洗皮损处，冲洗后外涂1%～2%龙胆紫液或红汞甘油，也可用咪唑类抗真菌药制剂外搽，必要时可用伊曲康唑、氟康唑口服。
3.下尿路念珠菌病，对于无肾盂肾炎或肾及输尿管阻塞体征，但因尿道插管留滞导致持续性念珠菌尿症的患者，抗真菌药物局部灌洗是合理的.这些患者通常在更换插管后间歇灌洗(浓度为50mg/l的两性霉素B无菌水溶液200～300ml，每6～8小时给药一次)或持续灌注两性霉素B(浓度为50mg/l的无菌水溶液)5～7天后好转。口服氟康唑(100～200mg/d) 2～4周是治疗非留滞插管患者膀胱炎的最为简便且最佳的方案。然而，它不能用于光滑念珠菌和克柔念珠菌所引起的感染。
