恶性贫血起病缓慢，症状开始出现时患者大多已年逾40岁，30岁以下者罕见。早发现早诊断治疗对于该疾病的控制是至关重要的。恶性贫血在诊断时还需与麦胶肠病进行鉴别，以免误诊误治，导致病情的加重。
恶性贫血的鉴别诊断如下：
麦胶肠病：年龄多为30～50岁，体重减轻显著，>90%有舌炎，神经系统症状罕见，80%有腹泻，可间歇发作。脂肪吸收不良，血清内无因子抗体，胃液盐酸约20%消失。小肠X线检查肠腔扩张，肠壁光滑运动减少。胃肠道活检空肠粘膜萎缩，维生素B12治疗效果无效或微效。
恶性贫血：年龄多为40岁以上，体重减轻轻度，少数显著，约50%有舌炎，神经系统症状多见，约50%有腹泻。脂肪吸收正常，50%～70%血清内有因子抗体，胃液盐酸100%消失。小肠X线检查正常，胃肠道活检慢性萎缩性胃炎，维生素B12治疗效果非常有效。
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