子宫内膜异位为代谢性质的疾病，目前对于它的治疗最安全、最理想的方式就是采用中医保守治疗。中医根据患者的年龄、病情及体质等等多方面进行辨证，最终制定一个符合患者自已的治疗方案。此外，手术治疗、放射治疗、药物治疗也是治疗该病的常见方式。
1、中医药治疗
子宫内膜异位一般证情较复杂，其病机多由气滞血瘀，寒凝痰阻、肝肾亏损、气血运行不畅所致。专家认为本病多为本虚标实之证，在本者为肾虚，在标者为气滞血瘀，常用慎言祛瘀方(经验方)治之。
慎言祛瘀汤：丹参15g，赤芍12g，川芎10g，三棱12g，莪术12g，柞木枝10g，石见穿10g，益母草15g，鸡血藤15g，仙茅12g，熟地12g，枸杞12g，生蒲黄10g，紫石英10g。制剂用法：加水泡至药面上，大火煎开，再小火煎10分钟即可，每日剂，2次分服，3个月为1疗程。
方中丹参、赤芍、川芎、三棱、莪术等行气活血破瘀;石见穿、柞木枝化痰散结、化瘀消肿;仙茅、仙灵脾、熟地、枸杞子等补肾益精;益母草、鸡血藤养血活血调经。诸药互相配合，补泻兼施，相辅相成，使气血行畅，瘀滞得消，经调而愈。临床使用本方应注意，气虚者加党参、黄芪、升麻;阴虚者加女贞子、地骨皮、地榆;盆腔肿块瘀血者加皂角刺、蕊石、鳖甲;腹痛甚者加川楝子、乳香、没药、三七粉(吞)。
2、手术治疗
治疗为子宫内膜异位的主要方法，因为在直视下可以基本上明确病灶范围和性质，对解除疼痛，促进生育功能效果较好，疗程短尤其对重症者，纤维化多，粘连紧密，药物不易奏效。较大卵巢内膜样囊肿，药物治疗无效，手术尚有可能保留有效卵巢组织。手术可分为保守性手术，半根治性手术和根治性手术3种。
3、放射治疗
虽然放疗用于子宫内膜异位已有多年历史，但应用多种药物及手术达到很高疗效，一般不破坏卵巢功能，而放射治疗子宫内膜异位的作用，在于破坏卵巢组织，从而消除卵巢激素的影响，使异位的内膜萎缩，达到治疗的目的。放射线对异位的内膜破坏作用并不明显，但对既不能耐受激素治疗又因病灶位于肠道、泌尿道及广泛盆腔粘连，尤其是合并心、肺或肾等严重疾病，本人又十分惧怕手术的个别患者，也可采用体外放疗，破坏卵巢功能，达到治疗目的。即便个别接受放疗者，必须先明确诊断，特别是不能将恶性卵巢肿瘤误诊为子宫内膜囊肿，以至错治而延误正确治疗。
