生活中患者自己往往很难分辨指甲改变的原因，医生也不能单凭经验而做出诊断，确诊灰指甲最根本的证据就是真菌检查。在患甲上刮取少量碎屑，直接涂片用显微镜观察或者在真菌培养基上培养，真菌感染者可看到真菌的孢子和菌丝或培养出真菌菌落，而非真菌感染者则不能看到或培养出。
无论显微镜检查还是培养基培养，在采取标本时都应刮取尽可能细的患甲细末，有些医院由于条件有限不能进行真菌检查，可将患甲细末寄到大医院去检查，一般不会影响检查结果的正确性。
如果怀疑自己已经染上了灰指甲，但是反复进行直接镜检法和培养法均为阴性时，可以采用甲标本的组织病理学检查，提高诊断率。另外，有时真菌仅附着于甲床上，没有侵入性的，而培养时可为阳性，但有可能实际上是假阳性，用组织病理学检查就可以了解真菌是否真的有致病性。
首先用PAS染色法检查自己是否得了灰指甲，采用不累及甲床的方法获取甲标本，如用镊子或者甲钳子获得部分病甲或全部病甲甲板。然后将标本置于4%的福尔马林溶液内，然后置于含氯化汞、硝酸、铬酸、95%乙醇及水的溶液中浸泡2天进行软化，分别在70%乙醇、95%乙醇、二甲苯液中洗3小时，或者标本置于10%吐温40溶液中浸泡一整夜进行软化，然后用石蜡包埋后切片，采用PAS染色。在40×的高倍镜下观察，可以清楚的看见紫红色真菌的形态即菌丝和孢子。
其次就是电子显微镜观察，本方法目前不作为灰指甲检查的常规方法，对于临床上认为是灰指甲，但是采用常规方法未能检测出真菌的，可以使用电子显微镜观察。结果显示电子显微镜可以大大地提高甲真菌病的诊断率，还可以观察真菌的侵袭情况。
一般有经验的医师诊断灰指甲会常根据患者的病程、症状、指(趾)甲的外观就可以确立，但明确诊断还需要依靠甲的真菌检查。指(趾)甲出现异常并不一定就是灰指甲，许多皮肤疾病和全身性疾病都可能累及指(趾)甲导致指甲变形、变色、增厚、出现白点、表面隆起或凹陷等改变。牛皮癣、甲湿疹、连续性肢端皮炎、雷诺综合征等疾病导致指(趾)甲的改变都与灰指甲类似，由于这些疾病都不是感染性疾病，不能查到病原菌，以此可与灰指甲可以鉴别。
来源资料：《中国误诊学杂志》 2005年 第15期
