咖啡斑的形成原因可为多系统疾病的一种标志，如多发性神经纤维瘤、结节性硬化症、Albright 综合征、Silver-Russel 综合征、Watsons综合征。
咖啡斑形成原因现在也随着咖啡斑的常见越来越受人们的关注，咖啡斑形成原因主要是一种病变的表现，可以在出生时出现，亦可在出生后稍后逐渐出现，并在整个儿童期增大，咖啡斑为遗传 性皮肤病。本病色素斑处的黑素细胞和角质形成细胞内黑素增多，黑素细胞活性亢进，产生大量黑素，形成色素沉着斑。
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