在患者治疗脓尿过程中，药品的运用是很重要的，如果用药过度，会对病人自身产生影响，如果用药过轻会达不到治疗效果。所以医生在用药时会遵守下列用药原则：
1、选用对致病菌敏感的药物。要查明致病菌，就应在选用抗生素前作细菌培养和药敏试验，在结果没有出来之前，可选用对革兰氏阴性杆菌有效的抗生素，因为尿路感染大多数都是由大肠肝菌等革兰氏阴性菌引起的。
2、联合用药。通常应尽可能选择单一用药，如果出现单一药物治疗无效，发生严重感染或混合感染，出现耐药菌株的情况时，可以考虑联合用药，以达到提高疗效的目的。推荐阅读：夏季如何预防尿路感染?
3、根据病变部位选择抗菌药物。上尿路感染为肾实质深部感染，需要在尿内和血中都有较高浓度的抗菌药物。下尿路感染通常为尿路的浅层黏膜病变，需要在尿中有高浓度的抗菌药物，如呋喃类药物、厌大霉素等。
4、避免使用肾毒性药物。由于大多数的药物都要经肾脏排泄。所以，在治疗尿路感染时，应避免使用肾毒性药物，对于肾功能不全者更是如此。否则药物容易在体内积蓄中毒，会给肾脏带来进一步的伤害。
