在大脑颅底深处，有一个拇指大小的器官叫做脑干，这个狭小的部位几乎管辖着生命的一切。脑干病变的产生表示着大脑内部发生了病变，是因为脑干里面的疾病没有得到及时医治而产生病变导致更严重的后果。在脑干病变的检查中，优选是MRI检查，其次辅助检查有以下几种：
CT检查 ：胶质瘤均表现为脑干本身肿大，除外生部分外，CT片上大多无增强。如果强化明显，就应考虑其他诊断(如高级别小脑蚓部星形细胞瘤);海绵状血管瘤往往仅表现为局限性出血;而血管网织细胞瘤则为囊性或实质肿瘤，结节有时即使增强也显示不清。
血管造影：对于可疑血管网织细胞瘤的或多发囊性肿瘤(可以VHL病)均主张行全脑血管造影，必要时还须行脊髓血管造影。造影的同时可对于一些大的肿瘤实施栓塞治疗。
脑干诱发电位检查：对于脑干病变的术前和术后功能的评定有用，并可在术中检测，从而评价脑干损伤程度和预测并发症。
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