脑干内有第3—12对脑神经核，以及上行和下行的神经纤维传导束。脑干病变的最大特征是交叉性瘫痪，即病灶同侧损伤平面脑神经瘫痪，对侧损伤平面以下中枢性瘫痪。对于脑干病变的检查，在医学上优选检查方法为MRI，可准确的检查出脑干的病变部位，为后续治疗起了很大作用。脑干病变的MRI检查方法详见以下：
脑干病变的MRI检查能较好地显示脑室、肿瘤状况(CT不能很好地显示后颅窝病变)。胶质瘤能显示肿瘤向外生长的部分。T1加权像：几乎均为均匀的低信号(囊肿除外);T2加权像：均匀高信号(囊肿除外)，注药后强化明显不均。对于血管网织细胞瘤可见囊性病变中有小结节，结节可明显均匀增强，实质性则为均匀增强的病变，起源延髓;海绵状血管瘤则表现为典型的爆米花样特征，中间不均匀的高信号(出血)周围为含铁血黄素沉淀(黑圈)，常见桥脑内。
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