低位肠闭锁的治疗一般分两期手术为好。先在闭锁处作一双管肠造口，以后自远端瘘口注入葡萄糖液以扩张肠管(每日1～2次)，待1～2个月后，钡餐证明远端肠管容积和功能皆恢复时，可关闭瘘口作肠吻合。少数较高的低位闭锁也可行一期吻合。
先天性肠狭窄的治疗包括：切除狭窄段再行吻合;或纵形切开肠壁狭窄，然后横行缝合。肠闭锁段切除端端吻合术，适应于新生儿先天性肠闭锁或肠狭窄，一般情况良好，可以耐受较大手术者。
如伴有新生儿急性肠梗阻，应作短时间的积极准备，以保证手术的安全。术前准备包括输血、输液、胃肠减压、保暖和抗生素的应用。3～4日以内的病儿，一般术前不必补液，明显脱水酌予稀释三倍等渗盐水20～50ml/kg体重补给。高位骶管麻醉或局麻。一般新生儿手术采用局麻就可获得满意效果。手术取平卧位，右中腹直肌旁切口。术后取皮下置胶皮片引流。
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