诊断肠出血时应尽可能地排除上消化道出血。一般而言，根据病史、体征与出血的特点可作出初步判断。有溃疡病或肝硬化病史者提示上消化道出血可能性大，而有炎症性肠病史者则提示下消化道出血可能性大。
柏油样便或黑便伴呕血者，一般均为上消化道出血;而仅有下消化道出血者，下消化道出血的可能性稍大，但不少十二指肠溃疡者可仅表现为下消化道出血，此时，需根据病史、症状及体征以及血便的特点等进行分析，以判断是上消化道、抑或下消化道出血。虽然上消化道大出血时，因出血量大，血液在肠道停留时间短，也可经肛门排出暗红或鲜红色血便，但此时患者一般会有呕血并存，故鉴别常无困难。有发热、白细胞升高、血尿素氮显著升高者，常提示出血部位较高，即上消化道出血的可能性较大。
鉴别有困难时，可插入鼻胃管至胃内，如抽吸出含咖啡渣样或暗红色胃液，则提示为上消化道出血;如抽吸出无血液而含胆汁的胃液，则可排除上消化道出血;如抽吸出无胆汁、且清亮的胃液时，则只能排除食管与胃出血，尚不能完全排除十二指肠出血。最可靠的鉴别方法是胃镜检查术，可立即确立或排除上消化道出血(胃镜到达十二指肠降部仍未见有出血时，基本可排除上消化道病变)。
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