肠穿孔发生之前数天，往往腹痛加重。但约10%的病人可无疼痛，这并非溃疡发展迅速，而是早已存在，临床上可无自觉症状。另有15%左右的病人溃疡病史不很清楚，故一般只有3/4 的病人能从病史中提示溃疡病肠穿孔的可能性。
一旦溃疡突然穿破，病人顿觉上腹部剧痛，难以忍受，以至被迫卧床，因此病人多能清楚地回忆起发作的时间和地点以及当时的情景。疼痛可放散至后背或右肩，根据胃肠内容在腹腔扩散的量与方向而定。刺激横膈的顶部，病人觉肩部酸痛;刺激胆囊后方的膈肌与腹膜，病人觉右肩胛骨下方疼痛;刺激小网膜腔，病人仅觉相应下背痛。
当胃肠内容弥散至全腹时，则引起全腹持续性剧痛。由于大量胃肠内容是沿右结肠旁沟流至右髂窝，故此处的症状特别明显，易误诊为阑尾炎。疼痛发作后，伴随恶心、呕吐;若吐出物中带有鲜血，对诊断溃疡病穿孔有提示意义。“出血的溃疡很少穿孔而穿孔的溃疡很少出血”，这是Finsterer 的格言，事实上并不见得完全正确。
