临床上一种细菌可以感染不同部位而引起不同疾病，例如金葡菌可以引起皮肤、软组织感染，也可引起肺炎、骨髓炎、脑膜炎、败血症或心内膜炎等。产肠毒素金葡菌可引起食物中毒。一种产特殊外毒素(TSST-1)的金葡菌可引起中毒性休克综合征。
在正常人的体表以及与外界相通的腔道，如口腔、鼻咽部、肠道、生殖道等存在各种微生物，它们在人体免疫功能正常条件下，对人体有益无害，称为正常菌群。
当机体抵抗力减低时，或由于各种原因引起防御免疫功能减低时(如老年、糖尿病、肝硬化、肿瘤、血液病、化疗、放疗、免疫抑制剂、激素及抗菌药物应用等)，原来正常寄居菌或致病力很低的细菌可能侵入人体其他部位而引起感染，称为机会致病菌(条件致病菌)。这些条件致病菌可以是人类正常菌群，或存在于环境中通常不致病者，如肠杆菌科细菌中的大肠杆菌、肺炎杆菌、绿脓杆菌、肠杆菌属、沙雷菌、沙门菌属、金葡菌、表葡菌、肠球菌属、产气荚膜杆菌、李斯特菌属、星形奴卡菌等;亦可为念珠菌、曲菌、新形隐球菌、毛霉菌等真菌。此外，亦可由某些病毒或原虫所引起。
