昏睡的治疗取决于昏睡的阶段。昏睡第一阶段使用的药物毒性较小并较容易施药，确定疾病的时间越早，治愈的机会越大。第二阶段的成功治疗依赖于可穿过血脑屏障达到寄生虫的一种药物。这种药物有毒性，而且施药过程复杂。有四种药物注册用于治疗昏睡并免费向疾病流行国家提供。
第一阶段的治疗：
喷他脒：于1941年发现，用于治疗布氏冈比亚锥虫昏睡的第一阶段。尽管有不可忽视的不良作用，但病人一般能很好地耐受。
苏拉明：于1921年发现，用于治疗布氏罗得西亚锥虫昏睡的第一阶段。会在尿道中引起某些不良作用以及过敏反应。
第二阶段的治疗：
美拉胂醇：于1949年发现，用于两种类型的感染。该药由砷衍生，有多种不良副作用。最严重的是反应性脑病(脑病综合征)，可以致命(3%至10%)。在若干疫源地，尤其是在非洲中部，已观察到对该药耐药性上升的情况。
依氟鸟氨酸：该分子比美拉胂醇的毒性略小，于1990年获得注册。它只对布氏冈比亚锥虫昏睡有效。治疗方案很严格，而且很难实行。
