肠出血性大肠埃希氏菌感染应与其他大肠埃希杆菌肠炎相鉴别。肠出血性大肠埃希氏菌感染是否应该使用抗菌药，学术上尚无定论。有学者提出，抗菌药对本病不能缩短病程，不能减少并发症的发生，甚至有可能促进释放Veto毒素，导致HUS的发生，因此提出要避免使用抗生素。
但也有学者提出，原则上可按其他感染性腹泻类似的处理。重症应使用抗生素，如司氟沙星(司帕沙星)、小檗碱等;轻症，可采用肠黏膜保护剂十六角蒙脱石或微生态调节剂。同时，注意纠正脱水，加强支持疗法。合并HUS者，按HUS抢救。国内已有散发病例发生轻者自限，严重合并症可导致死亡。常用药品如山梨醇、司氟沙星、小檗碱、蒙脱石等。
肠出血性大肠埃希氏菌感染的预防肠出血性大肠埃希氏菌感染的预防，除与其他肠道传染病的共同之处如饭前便后洗手，保护食品水源卫生外，重点应加强对冷冻快餐食品的管理，防止食品被污染，食用前要充分加热。
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