胆管梗阻的病因病理比较复杂，在原有结石等阻塞性疾病的基础上发生胆管感染，胆管粘膜充血水肿，加重胆管的梗阻，胆汁逐渐变成脓性，胆管内的压力不断增高，梗阻近侧的胆管逐渐扩大。在含有脓性胆汁的胆管高压的作用下，肝脏可肿大，肝内小胆管及周围的肝实质细胞亦可发生炎性改变。
肝细胞产生大片坏死，可形成肝内多发性小脓肿。胆管也可因感染化脓造成溃疡和胆道出血。由于胆管内高压造成肝内毛细胆管破溃，脓性胆汁甚至胆栓即由此经肝内血窦进入血循环，造成菌血症和败血症。少数还可发生肺部脓性栓塞。在后期，可发生感染性休克、肝肾功能衰竭或弥漫性血管内凝血等一系列病理生理性变化，此即为急性梗阻性化脓性胆管炎或称急性重症胆管炎。这些病理改变一旦发生，即使手术解除了胆管高压，但在肝实质和胆管仍会留下损害，这也是胆管梗阻的严重性的存在。
