通常情况下，尿液是无菌的，但是尿道口周围及尿道的下1/3是有菌的。因此，从人体排出的尿液可以沾染上一部分细菌。但是，清洁中段尿的含菌量不应超过105/毫升。如果连续两次化验含菌量大于或等于105/毫升，且为同一菌种，又没有尿路感染(尿频、尿急或下腹不适等)症状，就可诊断为真性菌尿，又称为无症状性菌尿。
无症状性菌尿是否需要治疗，意见尚未完全统一，大多数学者认为，下列情况需要治疗。
(1)膀胱输尿管逆流(VUR)存在时应给予治疗，因为VUR时的菌尿多数为肾盂肾炎，此时极易产生肾实质损害和疤痕，即所谓逆流性肾病。VUR儿童如严格控制感染，据10年观察，很少发现肾内疤痕及进行性肾损害。现已公认，防止逆流性肾病最有效的方案是制止逆流和控制感染。由于VUR随年龄的增长而逐渐减轻或消失，所以，多主张严格控制感染，手术治疗应加以限制。目前，对VURⅢ级及Ⅳ级的治疗有争议，但原则上是一致的，即轻度VUR最好用抗菌的方法，重度VUR最好采取手术治疗。抗菌药物采用常规剂量7～14日，菌尿消失后，用小剂量长期治疗，使尿液保持无菌，直至VUR自行消失或明显减轻。
(2)孕妇无症状性菌尿的发病率为3%～7%，如果不治疗，25%～40%可发展成症状性尿路感染(常在第18～30周发生)，早产儿和体重不足婴儿较无细菌尿的孕妇多见，其中20%～40%可并发败血症。因此，对有无症状性菌尿孕妇应立即治疗。
(3)伴有结石或梗阻的无症状性菌尿也应立即治疗，并去除结石或梗阻。
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